Ubiquitine (Ub) is alomtegenwoordig. Dit kleine, 76-rest eiwit wordt gebruikt om cellulaire eiwitten te markeren voor afbraak door het ubiquitine proteasoom systeem (UPS).Ub-ligasen en deubiquitylerende enzymen (DUB's)Het is een dynamisch proces dat belangrijk is, want het is een proces dat de proteïnepopulatie van de cel controleert.en disregulatie kan leiden tot een reeks slechte dingenHet begrip van de relaties tussen DUB- of Ub-ligase-activiteit en specifieke ziekten zou dus nuttig zijn bij het ontwerpen van remmers of andere therapeutische interventies.een aantal op Ub gebaseerde sondes voor activiteitsgebaseerde eiwitprofielvorming (ABPP) zijn ontwikkeld, meestal met een affiniteitslabel, zoals hemagglutinine (HA) of biotine, op het N-extremum en een elektrofiele kernkop op het C-extremum, zoals propargylamide (PA), vinylmethylester (VME),of dehydroalanine (Dha)Veel van deze sondes zijn echter beperkt tot experimenten met gezuiverde recombinante eiwitten of cellysaten vanwege de slechte celpenetratie.Probes moeten echt in staat zijn om cellen te betreden en intracellulair te reageren met enzymen om de meest bruikbare informatie te krijgen voor drug targeting en andere inspanningen.

• Ubiquitineketens van verschillende lengtes en soorten kunnen worden toegepast op biochemische functies zoals interactie en enzymactiviteit, evenals structurele biologie van kristallen.Elektronenmicroscopen en nucleaire magnetische resonantie.
• Ubiquitine-afgeleide cross-linking probes kunnen worden gebruikt om onbekende wisselwerkende eiwitten uit normale of zieke cellen en nieuwe doelwitten voor ziektebehandeling te detecteren.
• Ubiquitine-afgeleide fluorescerende sondes kunnen worden gebruikt om de activiteit en specificiteit van deubiquitinase te analyseren en een high-throughput screening van deubiquitinase-remmers.